永宁，唐朝时称为蔺州。宋朝时，该地在泸州的江安、合江二个县的境内。元朝时，此地设置了永宁路，统领了筠连州和腾川县，后来此地又改为永宁宣抚司。
明朝洪武四年(1371)平定了四川，永宁归附朝廷，朝廷在此设置永宁卫。六年，筠连州滕大寨的蛮人编张等发动叛乱，伪称自己是云南的官军，占领了湖南长宁各州县，朝廷命成都卫指挥袁洪前去讨伐。袁洪带兵到叙州的庆符县，攻破了清平关，活捉了他们自封的千户李文质等人。编张逃走后，又带兵进犯江安各县。袁洪带兵追击，又打败了他们，焚烧了他们九个寨子，俘获编张的儿子、自封的镇抚张寿。编张逃跑后藏匿在溪洞里，他的余党散入云南。皇帝听到报告以后，赐谕给袁洪说：“南方的蛮族人时而叛乱时而又归顺没有一定的准则，对他们不足以加罪。既然已经抓获了俘虏，就将这些俘虏编入军队之中，驻扎在边境之上。对待他们就是要以军队震慑，使他们对我天朝的威风有所畏惧，这样就不会留下后患。”不久，编张又聚众占领了滕大寨，袁洪带兵讨伐并打败了他们，追到小芒部时，编张逃跑了，于是攻取了得花寨，活捉了阿普等人。从此以后，编张再也不敢出来了，他们的寨子也都被扫平。于是朝廷便把筠连州降为县，让其隶属于叙州，将九姓长官司隶属于永宁安抚司。
七年(1374)朝廷将永宁等处军民安抚司升为宣抚使司，官秩为正三品。八年，朝廷任命禄照为宣抚使。十七年，永宁宣抚使禄照向朝廷献贡马，皇帝下诏赏赐给他钱钞、冠和衣服，规定他们每三年向朝廷入贡一次。十八年，禄照派他的弟弟阿居来朝觐皇帝，说近年来应该交纳的赋马都已交纳了，只有粮食无法如数完成。原因是大军向南征讨，蛮族百姓惊慌逃窜，无法按时耕种，加上打仗以后疾病瘟疫流行，死亡的人很多，所以来不及收缴和运送粮食。皇帝下令蠲免。二十三年，永宁宣抚上奏说，他所管辖的地盘内有水道一百九十滩，其中的江门大滩有八十一处，石头都将水流堵塞了。皇帝下诏书，命令景川侯曹震前去开凿疏通。二十四年，曹震到泸州巡察，看到有支流通往永宁，便凿去石头、削平崖壁、疏通河道以通漕运。
二十六年(1393)，禄照的儿子阿聂继承其父的职务。此前，禄照因犯法被逮到京城，在他向朝廷申述清楚后回去时，死在途中。这时禄照的儿子阿聂和弟弟阿智都在太学里学习，于是朝廷便让阿聂的庶母奢尾掌管宣抚使司的事务。到二十六年时奢尾进京朝觐，请求朝廷让阿聂继承其父的职务，皇帝同意了。永乐四年(1406)，朝廷免除了永宁荒田的租赋。
宣德八年(1433)，已故宣抚阿聂的妻子奢苏进京朝觐献贡物。九年，宣抚奢苏上奏说“：我们这里学习儒学的学生都是当地的僚族人，朝廷所教授的官话他们听不通，因此难以训诲他们。永宁的监生李源资质厚道学识贯通，请求朝廷比照云南鹤庆府的例子，授予他儒学训导。”皇帝下诏同意这个建议。景泰二年(1451)，朝廷同意了布政司的请求，减免了永宁宣抚司的税课和部分钱钞，因该地苗族人悄悄作乱，客商不通，路途阻绝的缘故。
成化元年(1465)，山都掌、大坝等寨子的蛮族贼人分别抢劫了江安等县，兵部将此事上报朝廷。二年，国子监学录黄明善上奏“：四川山都掌的蛮族贼人每年都出没无常，杀害掠夺良民。景泰元年(1450)招抚了他们，不久又叛乱。天顺六年(1462)招抚他们后又造反。近来总兵李安命令永宁宣抚奢贵赴大坝招抚他们，也没有效果。恐怕开战已不可避免，所以应该及早集结大军，早点决定计划，不使边关酿成祸患。”三年，黄明善又上奏“：宋朝时多刚县的蛮族入侵，朝廷派白刀艹子兵就将他们平息了。白刀艹子，就是今天的民壮人；多刚县，就是今天的都掌多刚寨。前朝使用乡兵有明显效果，所以我们也应紧急招募民壮人，让他们协助官军。都掌的水稻十月份就成熟，应带兵在此之前将其水田里的稻禾抢收过来，这样蛮族人三个月之内必然没有粮吃。这时官军可以分成三路进剿：南路从金鹅池向大坝攻击；中路从戎县向箐前进攻；北路从高县向都掌进攻。一旦小寨被攻破了，其大寨自然就被攻拔了。大坝往南一百多里远的地方是芒部，往西南二百里远的地方是乌蒙，命令这二个府的土官截住险要之地。再用火器自下而上顺风放火焚烧，这样蛮族人的寨子一定可以攻克。当然征调土兵必须处置妥当，招募民壮人也必须赏罚分明讲究信义。”皇帝下诏让总兵官参用这条建议。此时总督尚书程信也上奏“：都掌的地势险要，一定要有土兵当向导才行。请求皇上谕告东川、芒部、乌蒙、乌撒各府的土兵，并急速调拨湖广的永顺、保靖的军队，让他们准备随时出征。”之后，又请求从南京调战马一千匹应用。皇帝都同意了这些请求。四年，程信上奏说“：永宁宣抚奢贵开通了运道，擒住了贼人的首领，皇上应降印有皇帝玺印的诏书奖励他。”皇帝同意。
十六年(1480)，白罗罗的羿子与都掌大坝的蛮族互相攻击，礼部侍郎周洪谟说“：我是叙州人，了解叙州蛮族的情况。戎、珙、筠连、高各县在前朝都是土官统治，只有在我明朝才开始以流官代替土官前来治理。流官与蛮族人之间言语不通、性情不一，造成激变。洪武、永乐、宣德、正统四代皇帝命令将士四出征讨，蛮族人的叛乱更加滋蔓，至今还顽固不化。我以前曾经说过从长远考虑，在这些地区应仍设立土官来治理。都御史汪浩侥幸获得边功，欺骗杀害了官府保护的土官和寨主二百多人，各地蛮族人对他怨入骨髓，转而大肆劫掠。等尚书程信统领大军才能克服他们。我认为现今不如顺从蛮族人的情况，挑选出他们公推信服的人做大寨主，让他世袭官职管理当地蛮族群众，这样才能相互平安。”他又说：“白罗罗，相传是广西的流动的蛮族人，有数千人之多，没有人统属他们。景泰中年，他们纠集了戎县、珙县的苗族人，攻破了长宁等九个县，现今又侵扰都掌。他们居住的地方，崖险箐深，很难将他们剪除消灭。对他们也应该设立长官司来治理。他们的居住地，靠近芒部，应隶属于芒部。羿子，归永宁宣抚所管辖。永宁是云南、贵州的要冲之地，南跨赤水、毕节六七百里，让一个柔弱的女人来节制数万强梁之徒，所以每每有大肆抢劫行为。我认为宣抚司中的土著僚人，仍然归宣抚奢贵治理，而其南部各寨靠近赤水、毕节等要道的蛮族人，应设立二个长官司来管理，这二个长官司仍隶属于永宁宣抚。土官有职务而无官俸，对国库没有损害，对边防反而有益。”皇帝同意他的这些建议。嘉靖二十五年(1546)，永宁宣抚司女土官奢禄向朝廷进献大木，皇帝按惯例给予封赠。
万历元年(1573)，四川的巡抚曾省吾上奏朝廷：“都掌的蛮族叛逆，调拨军队前往征讨时，土官奢效忠首先在调拨之列。但奢效忠与贵州的土官安国亨有仇，请求朝廷一并下令给总兵官刘显节制他们，使他们不能找借口复仇。”皇帝同意。当初之时，乌撒与永宁、乌蒙、水西、沾益各土官的辖地边境相连，他们之间又世代有亲戚，亲情很厚。不久安国亨杀死安信，安信的兄长安智勾结永宁宣抚奢效忠报仇，彼此相互攻杀。安国亨手下的吏目与安智有亲戚关系，怕被安国亨斩杀，就投奔安路墨。安路墨冒充土知府安承祖，赶赴京城代奢效忠向朝廷上奏。不久安国亨也派他儿子安民向朝廷陈述事情的经过，安国亨与奢效忠都奉命听从四川、贵州巡抚的审核。四川、贵州巡抚审核后建议依照蛮族人的习俗罚牛赎罪，皇帝认为可行。奢效忠死后，他的妻子世统没有儿子，他的妾世续有一个幼小的儿子名叫崇周。世统认为自己是嫡妻，想夺取官印，便与世续互相仇杀。此事正向朝廷奏报期间，总兵郭成、参将马呈文利用他们的权力，突然发兵千余人，深入到落红。奢氏家族传了九代的积蓄，被搜刮抢劫一空。世续也派兵尾随郭成等人之后进入落红。奢效忠的弟弟奢沙卜出来抗拒，并邀集水西的土兵前来报仇。郭成的军队打了败仗，便向世统下檄文，要她去抓奢沙卜。世统不答应，郭成便又杀了三个把总，聚集苗兵一万多人，想进攻永宁以泄怨气。巡按官弹劾郭成为谋利挑起事端，应遭逮捕；并建议朝廷给奢效忠的妻妾二人授予冠带，将奢效忠原有的领地分开，由她们各管自己所属的部分，宣抚司的官印暂时封存，等奢崇周长大成人，赴京继承官职处理事务时才交付给他。皇帝认为此议可行。十四年，奢崇周代理其父的官职，不久死亡。
奢崇明，是奢效忠的亲弟弟奢尽忠的儿子。他从小是个孤儿，世统抚养了他一十三年。至此，将他送到永宁，世续送给他毡和马，并答应将宣抚司的官印交给他。本来事情已这样安排定了，不料阎宗传等诸位奸人认为以前自己跟随世续驱逐世统，杀死了奢沙卜，害怕奢崇明即位后，报以前的仇恨，于是依附于水西，拥立阿利以保护自己。安疆臣对他们两派阳奉阴违，纵容蛮族土兵四出焚烧抢劫屯堡，官兵都无法禁止他们。总督将此事上报朝廷，朝廷讨论后任命奢崇明暂时管理宣抚司事务，希望奢崇明能减少夙恨，广收人心。此时阎宗传等人依然如故地攻掠永宁、普市、摩尼等地。奢崇明承袭宣抚使职务近一年了，世续竟然还不把官印交给他，却私下交给安疆臣的妻弟阿利。巡抚派都司张神武将世续抓起来索讨官印，世续说官印在镇雄的陇澄那里。
陇澄，就是水西的安尧臣。陇氏家族快要绝种时，安尧臣入赘到陇家，于是冒称自己姓陇，叫陇澄。前文所叙述的讨平播州、叙州的功劳中，陇澄也参与在内，而中央官员根本就不知道他是安尧臣。安尧臣在外依仗自己在播州所立的功劳，在内依靠水西的势力，有占据镇雄节制永宁的野心。四川的抚按官以安尧臣不是陇氏的血脉，不授予他镇雄陇氏家族世袭的官职。安尧臣因此心怀两端，暗地里帮助世续。他的意图是世续将永宁的官职授予阿利，则自己所占据的镇雄会更加牢固；况且朝廷现在厌兵不愿动武，阎宗传、阿利等人又刚开始骚乱，自己完全可以躺着取代陇氏。而阎宗传等人每次焚烧掠夺，都称自己是镇雄的军队，以此吓唬各部落。川南道梅园楼所俘获的蛮族人丑者说，镇雄府派遣将领鲁大功率五个营的军队屯驻在大坝，水西的兵也渡过马铃堡，相互约定进攻永宁，普市的人于是全都溃散，阎宗传等人因这是一座空城便弃之而去。奢崇明又说，安尧臣所派的目把彭月政、鲁仲贤等人率六大营军队帮助叛逆之贼，声称将抵达叙南，进攻永宁和泸州。于是，总兵侯国弼等人，都把罪恶归咎于安尧臣。都司张神武等人所抓的俘虏唤者、朗者，都是镇雄府的土目，安尧臣也无法辩解。
贵州的抚按官以西南地区多兵事，军粮都已用完为由，无意进取镇雄府。安尧臣因此就把普市、摩尼等地的焚烧掠夺，都归到四川将领的头上。朝廷中也有议论，认为四川的将领有贪功而挑起事端的罪行。四川巡抚乔璧星上奏说“：安尧臣很狡猾，老谋深算，想篡夺镇雄府的大权，垂涎蔺州已有年头了。阎宗传之所以敢背叛朝廷就是倚仗镇雄府的势力，就好像镇雄倚仗水西一样。水西的安疆臣没有出兵助逆，我已探明了他们的情况，所以应乘叛贼恶势力还未形成，命令贵州抚按官与我一起会合，前去进剿。倘若安尧臣仍像以前一样酝酿作恶，我即带兵前去击碎他，不让小虫变成蛇，不使堵塞了的裂缝变成河。”这疏章上奏皇帝后，朝廷大臣讨论中竟然没有人敢决定对安尧臣用兵。时间长了以后，阿利死了，官印也交出来了，四川官员中想驱逐安尧臣的想法，最终还是没结果。此时播州清疆的议论正热烈，贵州、四川各地也搞得纷纷扬扬。到此，永宁该不该用兵的讨论就像聚在一起诉讼一样。此时，朝廷已经一心一意想休兵。三十五年(1607)，皇帝下令释放奢世续，赦免阎宗传等人的罪行，寻访陇氏的子孙来继承镇雄府的官职。并命令安疆臣约束安尧臣，把安尧臣带回本土司，听令遥授职务官衔，不许他假冒姓氏继承陇氏的职务。这样，阎宗传便投降朝廷，安尧臣也请求避到本土司去，贵州的总督于是便请求撤回军队。
按旧制度，永宁卫隶属于贵州，而其中的土司又隶属于四川。自从水西与蔺州相互攻击后，军民激变。奢崇明虽然继承了永宁的官职，但官员的审核并未上报朝廷。摩尼、普市的千户张大策等人又请求朝廷将永宁宣抚改为流官。兵部认为，无缘无故地改由流官统治，将把奢崇明置于何地？便命令有关官员迅速完结以前审核的诸案。于是四川巡抚拟定张大策犯有失守城池罪，应当斩首；贵州巡抚则拟定张神武犯有擅自动兵抢劫掠夺罪，也应当斩首。张大策，是贵州人，张神武，是四川人。因此两省都替本省的人打抱不平，各位大臣自己互相诉讼，纷纷扬扬解决不下来。此时又碰上奢崇明的儿子奢寅与水西已故土官的妻子奢社辉争夺领地，奢社辉所带领的安家的兵马数量十倍于奢寅的兵马，但奢寅的兵马很精锐，所以双方互相争持着。四川、贵州的抚按官无法节制他们，就将此状况上报朝廷。四十八年(1620)，贵州巡抚张鹤鸣认为赤水卫白撒所的屯地被永宁军队占据，应清理出来归还赤水卫。这些都有待于朝廷派官员审核后才能决定。
天启元年(1621)，奢崇明请求调拨骑兵和步兵二万人前去支援辽阳，皇帝同意了。奢崇明与其儿子奢寅长久以来蓄有异志，借调拨军队支援辽阳的机会，派遣女婿樊龙和部下同党张彤等人，带兵到达重庆后长期驻扎着不出发。巡抚徐可求亲自赶到重庆催促永宁军队赶快出发，樊龙等人以增加行粮为名乘机造反，杀死了巡抚、道官、府官、总兵等官员二十多人，占领了重庆。他们还分兵攻打合江、纳溪，攻破泸州，攻陷遵义，兴文的知县张振德战死。兴文，是以前九丝蛮的地方。他们又进军包围成都，号称自己的政权为大梁。布政使朱燮元、周著，按察使林宰等在成都城内分门固守。石石主土司的女土官秦良玉派其弟秦民屏、侄子秦翼明等发兵四千，日夜兼程，悄悄地渡过重庆，在南坪关扎营。秦良玉自己统率精兵六千沿江而上直奔成都。其他的援兵也渐渐集结起来。此时奢寅攻城很急，暗地里接纳刘勋等人做内应。事情被发觉后，刘勋等人被诛杀。奢寅等又造云梯和旱船，昼夜攻城。城中也以炮石还击他们。双方相持一百天，碰到贼军将领罗乾象派人向官军投诚，表示愿意杀死贼人为自己赎罪。这天晚上，罗乾象纵火焚烧军营，贼兵大乱，奢崇明父子仓惶出逃，丢弃的钱帛谷米堆得像山一样，穷苦的百姓靠此得以活命。罗乾象便率其同党胡汝高等人前来投降。此时朝廷已授予朱燮元巡抚职务，他率四川的士兵追击奢崇明，江安、新都、遵义等郡邑都收复过来了。这时是天启二年(1622)三月。樊龙将余部数万人收集起来，占据了重庆的天险和要塞。朱燮元督促秦良玉等人夺取二郎关，总兵杜文焕攻破了佛图关，诸将领将军队围着重庆驻扎下来。奢寅派贼人同党周鼎等分道来救援，周鼎被官军打败后逃走，结果被合江的百姓绑缚起来。官军与平茶、酉阳、石石主三个土司的土兵合围重庆，重庆城中缺粮。朱燮元便设计活捉了樊龙，将他杀了；张彤也被乱军所杀；生擒了樊龙的儿子樊友邦及其同党张国用、石永高等三十多人，收复了重庆。
此时安邦彦在贵州造反，奢崇明与他遥相声援。三年(1623)，四川的官军收复遵义，进攻永宁，在土地坎与奢寅相遇，双方率兵进行搏战。官军奋勇出击，叛军被打败，奢寅受伤后逃走，樊虎也战死了。官军进军攻克永宁城，降服了二万贼人。官军又进军攻拔了红崖、天台各囤寨，投降的人每天都有。奢崇明的势力越来越小，便向水西求救，安邦彦派十六个营的军队过河前来支援他。罗乾象攻破了蔺州，焚烧了九凤楼，他的老巢覆灭了。奢崇明踉踉跄跄地逃走了，投奔到水西。安邦彦与奢崇明合兵一处后，分别侵犯遵义和永宁。四川的官军在芝麻塘将他们打败，他们便逃进了青山。各位将领逼近渭河，在龙场与奢崇明激战，俘获了奢崇明的妻子安氏和奢崇辉等人，斩杀的人数以万计。蔺州平定了，总督朱燮元向朝廷请求以赤水河为界，河东的龙场隶属于贵州，河西的赤水、永宁隶属于四川。在永宁设置了道和府，与遵义、建武声势相联。
不久，贵州巡抚王三善遭安邦彦的袭击而死，奢崇明的势力又有扩张，过了春天将大举进攻永宁。此时正好奢寅被其部下所杀，朱燮元亦因父亲亡故离开军队去奔丧了，奢崇明、安邦彦得以苟延残喘。奢崇明自称为大梁王，安邦彦号称自己为四裔大长老，其下称元帅者不可胜数。他们合兵十多万人，规划先进犯赤水。崇祯初年，朝廷起用朱燮元来总督贵州、湖广、云南、四川、广西等地的事务，会师讨伐。朱燮元定下计谋诱使贼人向永宁深入，然后在五峰山的桃经坝邀击他们，再命令总兵侯良柱率军大败他们，奢崇明、安邦彦都被俘斩首。这一仗，扫荡了四川、贵州几十年来都没有去除的大恶贼，这是朱燮元的功劳。